O Museu de Congonhas é o primeiro "museu de sítio" do Brasil, oferecendo informações históricas e de contexto que qualificam a visita ao sítio do patrimônio mundial Santuário do Bom Jesus de Matosinhos. Ele foi incluído no Livro de Tombo de Belas Artes do IPHAN, em 1939, e inscrito na Lista do Patrimônio Cultural Mundial da UNESCO, em 1985.
O Museu é voltado tanto para os que buscam o turismo cultural quanto para aqueles que procuram o turismo religioso, pois se alinha com as modernas tendências de promoção da qualificação urbana associada à vocação histórica da cidade de Congonhas (MG).
Além disso, o Museu monitora e avalia o estado de conservação do sítio do Patrimônio Mundial e articula redes e projetos de estudo sobre o barroco e a pedra-sabão.
O prédio que abriga o Museu, embora possua uma arquitetura
contemporânea, se harmoniza com a paisagem de uma cidade
do interior mineiro. Com 3.452,30 m², ele dispõe de
salas de exposição, reserva técnica,
biblioteca, auditório, espaço educativo, cafeteria,
anfiteatro ao ar livre e áreas administrativas.