A criação do Museu de Congonhas é uma iniciativa conjunta do Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) e do Ministério da Cultura (MinC). A execução do projeto para a construção do Museu também foi compartilhada com a Representação da UNESCO no Brasil e com a Prefeitura de Congonhas, por meio da Fundação Municipal de Cultura Lazer e Turismo (Fumcult).

A gestão do Museu é realizada pela Prefeitura de Congonhas, por meio da Fumcult, e pelo Iphan, com o acompanhamento da UNESCO no Brasil.